Las novedades son los hechos del periodo que cambian lo que se le paga o se le descuenta a un empleado: trabajó horas extra, estuvo incapacitado, salió a vacaciones, recibió una comisión o tiene un préstamo. Se registran en el detalle de la liquidación y la nómina se recalcula al instante.

Cómo agregar una novedad

Abre la liquidación del periodo en Nómina → Liquidaciones (debe estar en borrador o liquidada).
En la sección de novedades del empleado, elige el tipo, la cantidad (horas o días, según aplique) o el monto, y agrega una nota si quieres.
Guarda. Paxioli devuelve la liquidación a borrador y la recalcula para reflejar la novedad.
Si te equivocaste, elimina la novedad y vuelve a quedar correcto (también recalcula).

Tipos de novedad disponibles

Horas extra y recargos

Horas extra diurnas
Horas extra nocturnas
Recargo nocturno
Recargo dominical/festivo

Se registran por cantidad de horas y se suman a los devengados salariales del periodo (entran al IBC y, si aplica, a la base de retención).

Incapacidades

Incapacidad por enfermedad general (EG): el empleador reconoce los 2 primeros días al 66,67% del IBC; del día 3 en adelante el subsidio lo asume la EPS (no lo liquida Paxioli). [CONFIRMAR LEGAL]
Incapacidad por accidente de trabajo (AT): la ARL reconoce el 100% desde el primer día. [CONFIRMAR LEGAL]

Se registran con los días del periodo de incapacidad. Paxioli ajusta los días trabajados y la base según corresponda.

Licencias

Licencia de maternidad
Licencia de paternidad
Licencia remunerada
Licencia no remunerada

Las licencias ajustan los días trabajados del periodo. [CONFIRMAR LEGAL]

Vacaciones

Vacaciones: días que el empleado disfruta en el periodo. Ajustan los días trabajados y la base.

Pagos adicionales

Bonificación: puede ser salarial (entra al IBC y a la base de retención) o no salarial, según cómo esté definido el concepto.
Comisión: pago variable, normalmente salarial.

Descuentos

Préstamo: cuota que se le descuenta al empleado.
Libranza: descuento autorizado a favor de un tercero (entidad financiera).
Embargo: descuento ordenado por una autoridad judicial.

Estos tres restan del neto a pagar.

Cómo afectan la liquidación

Las horas extra, recargos, comisiones y bonos salariales aumentan los devengados, suben el IBC y pueden subir los aportes y la retención en la fuente.
Las bonificaciones no salariales no entran al IBC.
Los préstamos, libranzas y embargos se descuentan del neto, no afectan el IBC.

Si algo sale mal

La novedad no se reflejó en los totales: solo se recalcula si la liquidación está en borrador o liquidada. Si ya está contabilizada o pagada, anula primero la contabilización (ver el artículo de anular o corregir una nómina).
Agregué la novedad al empleado equivocado: elimínala y créala en el correcto; la liquidación se recalcula sola.
No sé si una bonificación es salarial o no: depende del concepto que tenga configurado. Revisa los conceptos de nómina o consulta con tu contador, porque cambia el IBC y la retención.
La cantidad de horas o días quedó mal: elimina la novedad y vuelve a registrarla con el valor correcto; no se editan en el sitio.