En cada nómina hay tres grupos de valores: lo que se le descuenta al empleado, lo que paga la empresa por encima del salario, y las provisiones de prestaciones. Paxioli los calcula todos al centavo según la norma colombiana.

Los porcentajes, topes y umbrales de esta página son los que Paxioli trae configurados y dependen de la norma vigente: verifícalos cada año con tu contador. [CONFIRMAR LEGAL]

Primero: el IBC

Casi todos los aportes se calculan sobre el IBC (ingreso base de cotización): los pagos salariales del periodo. Tiene un piso de 1 SMMLV y un tope de 25 SMMLV (proporcional al periodo). El auxilio de transporte no entra al IBC. En salario integral, el IBC es el 70% del salario.

Lo que se le descuenta al empleado

Salud: 4% del IBC.
Pensión: 4% del IBC.
Fondo de Solidaridad Pensional (FSP): solo si el IBC es igual o mayor a 4 SMMLV. Es escalonado: empieza en 1% y sube hasta 2% según cuántos salarios mínimos gane.
Retención en la fuente: si el sueldo lo amerita, según la tabla del Art. 383 del Estatuto Tributario (en UVT). Paxioli aplica la depuración con renta exenta del 25%, deducciones por dependientes, intereses de vivienda y medicina prepagada, aportes voluntarios, y el límite global: todo lo que se resta (deducciones, aportes voluntarios y renta exenta) no puede pasar del 40% del ingreso después de salud y pensión, ni de 1.340 UVT al año (art. 388 del Estatuto Tributario).
- La cuenta en UVT va con todos los decimales y solo se redondea el resultado, al peso.
- Las deducciones que el empleado declara en su contrato (intereses de vivienda, medicina prepagada, aportes voluntarios) van por su valor mensual completo, aunque el mes tenga pocos días de ingreso (por ejemplo, el mes en que entra): la ley las fija por mes.
- El aporte a pensión voluntaria o a la AFC que se descuenta por nómina (novedad «Aporte AFC o pensión voluntaria») también baja la base de la retención, igual que el que el empleado declara y paga por su cuenta (Decreto 1625 de 2016, art. 1.2.1.22.41), con el tope del 30 % de sus ingresos.
- La renta exenta del 25 % tiene un tope de 790 UVT al año. Paxioli lo lleva mes a mes (790 ÷ 12) y el salario y la prima del mismo mes lo comparten.
- Las incapacidades y la licencia de maternidad o paternidad entran a la base: para la DIAN no son rentas exentas, porque no son indemnizaciones (oficio 27408 de 2019).
Préstamos, libranzas y embargos: si los registras como novedad.

El neto a pagar es: devengados menos estas deducciones.

Lo que paga la empresa (aportes patronales)

Estos no se le descuentan al empleado, son costo del empleador sobre el IBC:

Salud: 8.5% (exonerada por la Ley 1607 si el empleado gana menos de 10 SMMLV).
Pensión: 12% (nunca se exonera).
ARL: según el nivel de riesgo del contrato (I a V).
Caja de Compensación (CCF): 4%.
SENA: 2% e ICBF: 3% (exonerados con la Ley 1607 si aplica).

En las ausencias

Incapacidad: no paga caja, SENA ni ICBF, porque el auxilio por incapacidad no es salario (Consejo de Estado, sección cuarta, sentencia del 19 de agosto de 2021).
Licencia de maternidad o paternidad: sí paga caja, SENA e ICBF. Es un descanso remunerado de ley (art. 236 del Código Sustantivo del Trabajo) y la Ley 21 de 1982, art. 17, los incluye en la base; así lo dijo el Ministerio de la Protección Social (concepto 236602 de 2009) y es la postura segura frente a la UGPP. Riesgos laborales no se paga.
Licencia no remunerada: la empresa sigue cotizando su parte de salud (8,5 %, si no está exonerada) y de pensión (12 %); al empleado no se le descuenta nada porque no tiene ingreso. La base es el último salario reportado antes de la licencia (Decreto 780 de 2016, art. 3.2.5.2): con salario fijo, el salario; con salario variable, la base de lo trabajado en el último mes que Paxioli liquidó. No paga riesgos laborales, caja, SENA ni ICBF.

Los aportes van al múltiplo de $ 100

La planilla PILA solo recibe aportes en múltiplos de $ 100, aproximados hacia arriba (Decreto 1990 de 2016). Paxioli liquida así cada aporte, y como la planilla trae una sola cotización por línea (salud 12,5 %, pensión 16 %), la parte del empleado se aproxima por su lado (es lo que ve en su colilla) y la empresa paga lo que falta para completar la cotización: lo que causa la nómina es exactamente lo que cobra la planilla.

Con nómina quincenal, la segunda quincena cierra cada aporte sobre la base del mes completo, así que las dos quincenas suman la planilla al peso. Si una liquidación anterior no coincide con la planilla, la vista previa de la PILA te lo avisa con el valor.

Lo que se mide por mes en la nómina quincenal

La ley mide por mes cuatro cosas: el fondo de solidaridad (desde 4 salarios mínimos), el piso y el tope de la base (1 y 25 salarios mínimos), el auxilio de transporte (hasta 2 salarios mínimos) y la exoneración de salud, SENA e ICBF (menos de 10 salarios mínimos). Con comisiones u otros pagos variables, una quincena sola no dice cómo termina el mes. Por eso:

La primera quincena decide con lo menor entre la quincena llevada a mes y el salario del contrato: una comisión grande no cobra el fondo ni quita la exoneración antes de tiempo.
La segunda quincena decide con el mes real (la primera más esta) y liquida lo del mes completo menos lo que ya se liquidó. Si la comisión hizo que el mes llegara al fondo de solidaridad o pasara de 10 salarios mínimos, aquí va el aporte del mes; si el mes no pasa de 2 salarios mínimos, aquí se paga el auxilio de los días de la primera quincena que no se pagaron.
Si el mes pasa de 2 salarios mínimos y la primera quincena ya pagó el auxilio, la segunda no lo paga y una línea en cero lo explica. Ese auxilio solo se puede descontar con autorización escrita del trabajador.

Cada línea que cambia por el cierre del mes lo explica en el detalle. Así lo que descuenta la nómina es lo que cobra la planilla del mes.

Provisiones de prestaciones

Para que el costo quede completo, Paxioli provisiona cada periodo: cesantías, intereses sobre cesantías, prima de servicios y vacaciones. El salario integral no causa estas provisiones.

Todo se calcula con los parámetros del año (SMMLV, UVT, porcentajes) que tu empresa configura en Nómina → Configuración. Mantén esos valores al día cada año para que la liquidación sea exacta.